秦朝建立至清朝结束历时两千一百多年。这一时期，因皇帝执政理国的需要，导致中央政府的机构和职官变化非常频繁。在国家机构中，以血缘关系为纽带的贵族政治被任免制度的官僚政治所取代，巫史和宗室贵族的地位和权力下降，君王的臣仆和侍从地位上升。秦朝在中央政府设有“三公”、“九卿”官职。“三公”地位最高，是指丞相、太尉和御史大夫。这是由周代的太师、太傅、太保或司马、司徒、司空演化而来的。丞相协助皇帝处理政务，处于“一人之下，万人之上”的尊贵地位；太尉管理军事；御史大夫职责是监察、执法，监管文书图籍。“三公”之下设“卿”，由皇帝任免，其所领官署称“寺”。“卿”是秦汉时期对中央各部门长官的一种尊敬的称号。秦朝的“九卿”包括奉常、郎中令、卫尉、太仆、廷尉、典客、宗正、治粟内史、少府。从秦朝“卿”的职责来看，分为专为皇家服务和管理国家事务两大类。它体现了君主家事与国事不分，宫廷事务与政治事务混于一体的“家国同治”特点。

至隋唐时期，秦汉的“三公九卿”设置逐渐演变成“三省六部”制度。“三省”包括尚书省、中书省和门下省。“六部”指的是吏部、民部（唐朝为避唐太宗名讳改为户部）、礼部、兵部、刑部、工部。尚书省出自东汉的“尚书台”，而尚书台则源于西汉武帝时期在宫内设置的“内朝”。到东汉时期，尚书台正式成为国家的政务机构。隋朝时，中央机构设有“五省”、“六曹”。“五省”是指尚书省、门下省、内史省、秘书省、内侍省。“尚书省”是最高行政机构，下设“六曹”。

尚书省长官为尚书令。门下省是侍奉谏议机构，审复内史省诏令，长官为纳言。内史省是中枢制令机构，长官是内史令。秘书省掌经籍、历法，设监、少监。内侍省是宫中宦官机构。内史、门下、尚书三省是“五省”中实际的中枢机关。到唐朝，中书、门下、尚书“三省”制度确立。“三省”中，尚书省是最高政务机构，负责执行皇帝诏令，长官为尚书令，副职为左、右仆射；中书省传承诏令，起草各项诏敕，长官为中书令、中书侍郎。门下省审核皇帝的诏敕、奏疏，驳正后交皇帝批准，长官为门下侍中、门下侍郎。在门下省设政事堂，作为“三省”长官议定军国大事的场所。唐玄宗时改政事堂为“中书门下”。

“六部”源于隋朝的“六曹”。而“六曹”缘于东汉尚书台下设置的六个具体的职能部门。唐朝时定名为吏部、民部（避唐太宗名讳改为户部）、礼部、兵部、刑部、工部，此后一直沿用到清代。六部以尚书、侍郎为正、副长官，各辖有四司。

“六部”的主要职责是：

①吏部掌管全国文职官吏的任免、考评、勋封等事；

②户部掌管全国户口、土地、赋税、钱粮、财政收支等事；

③礼部掌管祭祀、礼仪、科举、学校等事；

④兵部掌管武官选用及军事行政等事；

⑤刑部掌管全国司法行政等事；

⑥工部掌管大型工程、工匠、屯田、水利、交通等事。

隋唐时期，还设有“九寺”、“五监”等重要的中央职能部门，其职权与“六部”多有重叠，起到了分工和相互制约的作用。从秦汉“三公九卿”制到隋唐“三省六部”制的演变，是中国古代政治文明的进步。宰相的权力被一分为三，实际上加强了皇权，削弱了相权，主次分明，化解了矛盾；同时通过扩大议政人员名额的办法，在一定程度上增强了集体的智慧；职责明确，程序规范，提高了行政效率，强化了皇权和中央政府的统治力量。